Прошло уже четыре года, и Питер Паркер свыкся с ролью призрака для всех, кого любил. Он работает в тени и не показывает лица. Он ловит преступников и двигается по городу как тень. Парень серьезно повзрослел, но его гложет чувство вины и одиночество. В его вещах лежит неотправленное письмо Эм-Джей и прочий хлам, напоминающий о прошлом. Простая жизнь осталась где-то далеко, теперь его удел — бесконечные драки на улицах Нью-Йорка.
На этом пути он замечает странные связи в преступлениях. Оказывается, это работает целая система. Скорпион уже на свободе и ищет команду, а Каратель начинает свою охоту, не разбирая, кто прав. У них с Пауком будут жаркие споры о том, как бороться со злом. Питеру приходится искать союзников, и он находит Бэннера, который может помочь с костюмом. К тому же в городе всплывают новые лица и старые враги, которые не дают покоя и заставляют его идти по следу до самого конца.