Во втором сезон часть команды Людей Икс оказывается в Древнем Египте рядом с юным Апокалипсисом. Другая группа, Циклоп и Джин Грей, переносится в далёкое будущее — в 3960 год. И те и другие пытаются найти способ вернуться в свои 1990-е. В прошлом герои сталкиваются с Апокалипсисом, первым мутантом в истории, который ещё не осознал всей своей силы. Он бессмертен и способен перестраивать своё тело на атомарном уровне. В сезоне его показывают в нескольких временных пластах: в прошлом, в настоящем и в будущем, где он уже добился мирового господства. Циклоп и Джин Грей в 3960 году встречают Мать Аскани и маленького Натана Саммерса.
Появляются новые противники. Опасность – это живое воплощение Тренировочного зала Икс, искусственный интеллект, который получил тело и сознание. Он знает все слабости Людей Икс. Омега Ред, бывший советский суперсолдат, обладает колоссальной силой и способностью выделять смертельные споры. Саблезубый с регенерацией и когтями вступает в противостояние с Росомахой. Леди Смертельный Удар, владеющая адамантовыми когтями, связана с Росомахой. Магнето, оказавшийся в Древнем Египте, разрывается между местью и реформами. А Морф, возможно, раскроет свои чувства.